Es sind in der Tat kleine Beschädigungen. Kann Sie sich an irgendwelchen scharfkantigen Gegenstände verletzt haben ? Es reich schon eine enge Stelle im Becken wo sie durch wollte. Die Stellen sehen momentan nicht unbedingt gefährlich aus. Solange das unterste Gewebe nicht matschig oder faul/käsig riecht geht es noch. Ich würde in dem Wasser einen Beutel Torf, Kokosfaser, oder schwarzen Tee hängen oder in den Filter vorm Auslauf hängen. Emydura subglobosa lebt normalerweise in huminsäurehaltigen Wasser. Wenn die Huminsäure fehlt kommt sehr schnell zu Pilzbefall oder Nekrosen.

Unter dem Bereich Arten bei Wasser- Sumpf- und Erdschildkröten findest Du auch Haltungsbericht(e) über diese Emyduraart. Zu Deiner Frage ob es ein Weibchen ist, ist momentan bei dem Alter schwierig zu sagen. Der Schwanz ist etwas zu kurz für einem Männchen (fast ein fünftes Bein)und zu schmal. Aber für ein Weibchen fast zu lang und die Kloake ist dementsprechend über den Plastronrad hinaus. Ist es sicher, daß sie schon so alt ist? Ich würde noch etwas warten um eine genaue Diagnose abzugeben.

Die Menge hängt von Beckengröße ab. Ich würde auf 100 Liter einen Teebeutel Schwarztee nehmen. Dieser sollte ohne Bindfaden und Clip ins Becken/Filter gehängt werden. Die braune Färbung geht natürlich nach und nach bei den üblichen Wasserwechsel wieder weg. Zierschildkröte.de ist mitunter mit Vorsicht zu genießen. Man soll wirklich nicht unbedingt alles glauben, was da so geschrieben wird im Internet. Besser ist es da Fachliteratur zu wälzen. Das mit der Kloake auf dem Panzerrand ist ja gerade das Problem. Normalerweise ist die Kloake vor dem Panzerrand und beim Männchen außerhalb des Panzers. Ich hoffe, ich habe mich verständlich ausgedrückt.
Der Prozentsatz bei allein lebenden Weibchen, die Eier legen ist nicht bekannt bzw. nicht untersucht. Darum ist die Empfehlung, daß alle Weibchen einen Eiablageplatz benötigen.